系列首次采用全 3D 卡通渲染，角色会真正在校园里走动、在约会中动起来。系统做了大幅简化，口碑两极，也是正传中唯一没有推出 Drama 系列与衍生作的一代。
2001 年 12 月 20 日，系列第三代登陆 PlayStation 2，舞台是萌木市与萌木高校。这一次 KONAMI 把画面整个推倒重来：角色不再是立绘，而是全 3D 卡通渲染的模型，会在校舍走廊上走动，会在约会时转头看你。OP 请来 ZARD 演唱《Seven Rainbow》，是系列首次由非声优歌手担纲。
技术上的野心很大，代价是系统被简化，角色的 3D 形象也没能达到玩家心里的 2D 水准。销量不如预期，这一代因此成了正传里唯一没有衍生作的一部——但它留下的 3D 演出经验，后来在别的作品里能看到影子。
系列第一次让角色真正「动起来」，约会场景里的镜头与表情都是实时演算，在当年相当超前。
数值与指令被压缩，节奏更快，但也失去了前两代那种细密的取舍感，老玩家评价分歧很大。
牧原优纪子、神条芹华、橘惠美……这一代的角色设计风格与前后两代都不太一样。